En 1948, l’assassinat du leader progressiste Elicier Gaitan, qui appelait à la mobilisation du peuple contre la puissante oligarchie, marque le début de la guerre civile. Les révoltes paysannes, genèses de la guérilla, sont violemment réprimées par le pouvoir conservateur (plus de 200 000 morts entre 1948 et 1953). Après une dictature militaire, soutenue par les États-Unis et l’oligarchie, s’instaure la période du Front national de 1957 à 1974 : un système politique où les libéraux et les conservateurs alternent, et matent toute rébellion. Les formations politiques sont interdites. « Les caractéristiques du Front national dureront approximativement jusqu’à la Constituante de 1991 », précise Marco Romero, professeur de sciences politiques à l’université nationale de Colombie.

L’ultime étape du conflit survient dans les années soixante lorsque se créent et se développent les guérillas ». Sur fond d’État de non-droit, et d’inégalités sociales béantes, les Forces armées révolutionnaires de Colombie (FARC - communiste) se créent en 1964, l’Armée de libération nationale (l’ELN - pro-castriste) en 1965, l’Armée populaire libération (EPL- maoïste) en 1967 et en 1970 le M19, issu de la bourgeoise urbaine. Pour les FARC, la plus puissante guérilla, la principale revendication reste la réforme agraire et une redistribution équitable de la terre dans un pays où elle est concentrée entre quelques mains. Encore aujourd’hui, 0,38 % des propriétaires possèdent 65 % des meilleures terres du pays tandis que 80 % de la population rurale vit en dessous du seuil de pauvreté.

Pour Marco Romero, le paramilitarisme, né dans la foulée des guérillas, a trois origines : « Les latifundistes organisent des groupes armés pour défendre leurs intérêts, le narcotrafic qui restructure profondément la terre et enfin l’instrumentalisation par certaines forces de sécurité de l’État qui s’en servent comme appui usant de leurs réseaux ». De fait, les « paras » mèneront de concert avec l’armée la « guerre sale » (torture, « disparition », assassinat) contre les appuis de la guérilla. Aujourd’hui encore, ils continuent de sévir, voire contrôlent certaines régions.

Entre 1982 et 1990 s’ouvre une période de pourparlers. Croyant à une certaine démocratisation, l’Union patriotique, où se retrouvent les forces sociales des FARC, voit le jour en 1985. Les paramilitaires se chargeront de la décapiter : Plus de 3 000 de ses cadres et militants seront assassinés. Le M19 rend les armes en 1989 puis dans la foulée l’EPL tandis que les négociations avec les FARC et l’ELN s’évanouissent. Ce n’est qu’en 1998 que le dialogue reprend sous la présidence de Pastrana. Il démilitarise une zone de 42 000 km² dans le sud du pays pour entamer un dialogue avec les FARC. L’entreprise se solde par un échec sous la pression des classes dirigeantes et des paramilitaires.

Le dialogue est d’autant plus rompu que Pastrana souscrit au Plan Colombie des États-Unis visant à militariser la région. En 2002, Alvaro Uribe est élu président, en s’appuyant sur la frustration des Colombiens, déçus par les tentatives de paix avortées, et promet alors de mettre à genoux la guérilla.